Manuale di SQTM
Installazione
Per poter utilizzare SQTM è necessario disporre del pacchetto Microsoft Access in una delle versioni 97, 2000, XP o 2003.
- Scaricare il file di installazione da questa pagina.
- Scompattare il file ZIP scaricato con un qualsiasi programma di scompattazione (WinZip o similari). Il file contenuto nell'archivio compresso può essere copiato in una cartella del proprio hard disk (ad esempio C:\sqtm).
- Fare doppio clic sul file SQTM30.MDB estratto.
- Selezionare la lingua in cui si desidera utilizzare SQTM. La scelta non è definitiva: in qualunque momento è possibile cambiarla dal pannello delle opzioni del programma.
- La prima volta che si accede, utilizzare la login administrator e la password sqtm. Si consiglia di cambiare immediatamente la password dal menu Strumenti/Opzioni per evitare futuri accessi non autorizzati al programma.
- Cliccando sul pulsante ARCHIVIO dalla schermata principale, è possibile inserire i dati.
Data entry
Dal momento che ogni persona può avere diagnosticate, nello stesso momento o nel corso del tempo, diverse distinte lesioni, SQTM consente di registrare dati e di effettuare analisi che abbiano come unità elementare la lesione. Tuttavia in molti casi interessa adottare la persona come unità elementare e considerare solo la "lesione principale" o la prima lesione in senso temporale. È quindi possibile definire e aggiornare, quando vi siano più lesioni, qual è la lesione principale.
Registrazione dei dati personali
Cliccando ARCHIVIO sulla schermata principale, si accede alla maschera di inserimento dei dati personali. Ad ogni persona registrata viene assegnato un numero identificativo (in alto a sinistra).
Attenzione: Il numero assegnato non dev'essere ritenuto univoco né stabile: si tratta di una codifica interna che può cambiare nel momento in cui gli archivi vengono rinumerati o importati dall'esterno. Si sconsiglia, dunque, di trascivere il numero sulla cartella clinica perché questo può cambiare.
I tre campi relativi a Cognome, Nome e Data di nascita della paziente devono essere obbligatoriamente compilati.
Alcuni campi (ad esempio quello sulla data dell'eventuale cancro precedente) hanno lo sfondo grigio: ciò significa che non devono essere compilati. Questi campi si attivano, infatti, sull'inserimento di determinati valori in altri campi (nell'esempio, il campo si attiva se si specifica nel campo Prec. Ca mammella che c'è effettivamente un cancro precedente alla mammella.
Ogni casella fa riferimento ad un campo il cui nome interno viene visualizzato in basso a sinistra, sulla barra grigia di Access. Cliccando all'interno della casella del Data di nascita, ad esempio, compare in basso la scritta DATANASC - Data di nascita della paziente, che fa riferimento al nome interno (DATANASC) del campo che si sta compilando.
In fase di analisi, dunque, per selezionare le pazienti nate il 1° gennaio 1950 si dovrà far riferimento al campo DATANASC.
L'elenco dei campi relativi alla sezione sui dati personali è disponibile qui:
Cancellazione del valore immesso in un campo
Nel caso sia necessario annullare il dato immesso in un campo si può semplicemente cancellare il valore selezionandolo e premendo CANC sulla tastiera; se si tratta di un campo a tendina (casella che permette di scegliere tra le varie codifiche) occorre scegliere il valore nullo che è il primo della lista.
Cancellazione di una paziente
Quando si vorrà cancellare i dati di una paziente, si potrà farlo cliccando su Cancella record: l'operazione eliminerà sia i dati personali della paziente selezionata, sia tutti i dati relativi alla/e sua/e lesione/i. Attenzione! L'operazione non può essere annullata, e l'unico modo per recuperare un record cancellato è quello di importarlo da un file di backup eventualmente creato prima della cancellazione!
Ricerca di una paziente
Quando si ha una casistica numerosa, è possibile selezionare facilmente un paziente utilizzando la lista che si trova a destra:
- Se si conosce il cognome della paziente, inserirne le prime lettere nella casella Ricerca cognome: se il programma trova una paziente il cui nome corrisponde a quello inserito, completerà automaticamente la casella; a questo punto è sufficiente premere INVIO e l'applicazione mostrerà sulla scheda i dati della paziente selezionata. In caso di omonimia, il programma aprirà una finestra dalla quale sarà necessario selezionare la paziente desiderata e cliccare su OK.
- Se si conosce il codice personale della paziente, inserirlo nella casella contrassegnata dalla lettera N.: è ora sufficiente premere INVIO e l'applicazione mostrerà sulla scheda i dati della paziente corrispondente al codice specificato.
Come proseguire?
Completato l'inserimento dei dati personali di una paziente, è possibile in alternativa:
- Proseguire l'inserimento dei dati relativi alla lesione della paziente (in questo caso è necessario cliccare sul pulsante in basso a sinistra LESIONI);
- Proseguire l'inserimento dei dati relativi al follow-up della paziente (in questo caso, cliccare sul pulsante in basso a sinistra FOLLOW-UP);
- Passare ad una nuova paziente (cliccare su Inserisci nuovo caso).
Inserimento dati sul follow-up personale
L'applicazione SQTM distingue tra dati di follow-up personale e dati sul follow-up di ogni singola lesione. Dalla scheda dei dati personali è possibile accedere alla scheda sui dati di follow-up personale cliccando su FOLLOW-UP. Questi dati registrano le condizioni generali della paziente, il suo stato in vita, la presenza di eventuali metastasi a distanza e le date dei successivi esami mammografici e di follow-up. Ogni volta che si aggiorna qualche dato è necessario aggiornare anche il campo O04 (Data aggiornamento stato), che in questo modo indicherà sempre il momento in cui è stato effettuata l'ultima modifica ai dati. In caso di morte della paziente, indicare in questa casella la data del decesso.
L'elenco dei campi relativi alla sezione sui dati del follow-up personale è disponibile qui:
Lo sfondo verde delle caselle indica che non si tratta di campi necessari per il calcolo degli indicatori di qualità. La stessa convenzione si troverà all'interno delle schede relative alle lesioni.
In fondo alla scheda sono presenti un numero di pulsanti pari al numero di lesioni già registrate. Cliccando sulla lettera relativa ad ogni lesione è possibile passare direttamente alla scheda di registrazione del follow-up di quella lesione.
Da questa scheda si può ritornare ai dati personali cliccando su Torna ai dati anagrafici.
Inserimento di una lesione
Per inserire i dati relativi ad una lesione, selezionare il paziente e cliccare su LESIONI. Se non sono ancora state registrate precedentemente delle lesioni, la scheda che si apre è vuota. Per inserire la prima, cliccare sul pulsante in basso a sinistra Nuova lesione. Le quattro caselle relative alle informazioni generali sulla lesione devono essere tutte compilate prima di passare alle schede di approfondimento. Quando si sarà specificata una sede e il lato, una X verrà posizionata sullo schema di destra ad indicare graficamente la posizione della lesione.
Ad ogni lesione l'applicazione assegna automaticamente una lettera progressiva (nella forma A, B, C...). È importante, soprattutto nel caso si debbano aggiornare i dati di una lesione già esistente, essere posizionati sulla lesione corretta (puntare cioè il mouse su un campo della lesione interessata); la lesione corrente viene riportata in fondo a sinistra a fianco dei pulsanti relativi alla refertazione. Sul lato destro c'è una barra di scorrimento che è utile nel caso le lesioni presenti siano più di due (in questo caso non sono tutte visibili nella videata).
L'accoppiata codice personale e codice della lesione identifica univocamente la lesione all'interno dell'archivio SQTM. Quando si parlerà, dunque, di lesione 13/B, si farà riferimento alla seconda (B) lesione della paziente codificata con il numero 13.
L'elenco dei campi relativi alla sezione sui dati generali della lesione è disponibile qui:
Cancellazione di una lesione
Quando si vorrà cancellare i dati di una lesione, si potrà farlo cliccando su uno dei campi della lesione da eliminare e cliccare Elimina: l'operazione eliminerà soltanto i dati della lesione selezionata ma non cancellerà i dati personali della paziente corrispondente. Attenzione! L'operazione non può essere annullata, e l'unico modo per recuperare un record cancellato è quello di importarlo da un file di backup eventualmente creato prima della cancellazione!
Registrazione dei dati della lesione
Per ogni lesione è possibile registrare i dati relativi alle seguenti aree:
- Screening
- Diagnostica preoperatoria
- Istopatologia
- Interventi chirurgici (fino a tre + eventuali dissezione ascellare e linfonodo sentinella)
- Terapie postoperatorie
- Follow-up della lesione
Alle aree Screening, Diagnostica preoperatoria e Istopatologia si accede tramite il pulsante in basso Screening - Diagnosi. All'area relativa agli Interventi chirurgici si accede cliccando su Interventi chirurgici. Alle aree sulle terapie postoperatorie e sul follow-up della lesione si accede con il pulsante RT - Terapia medica - Follow-up.
Come già specificato per la sezione sul follow-up personale, lo sfondo verde di alcune caselle indica che non si tratta di campi necessari per il calcolo degli indicatori di qualità.
L'elenco dei campi relativi alle diverse sezioni di approfondimento della lesione sono disponibili qui:
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Selezioni
La selezione della casistica serve ad esportare o archiviare in un gruppo solo una parte dei casi registrati in SQTM.
- Quando si dispone di un elenco di nominativi o di codici è consigliabile utilizzare la selezione caso per caso.
- Quando si vuole definire un criterio di selezione molto semplice, limitato ad esempio alla diagnosi istologica o all'età o alla data dell'intervento, è consigliabile utilizzare la selezione facilitata.
- Quando si vuole definire un criterio di selezione complesso, che può comprende connettivi logici AND, OR e NOT, si deve utilizzare la selezione avanzata.
Selezione caso per caso
La scheda riporta la casistica in ordine di codice con alcuni dati personali. La selezione può essere fatta spuntando le caselle bianche accanto ogni nome; è possibile selezionare o deselezionare tutti i casi con i due pulsanti SELEZIONA TUTTI e DESELEZIONA TUTTI. Terminata la selezione, è possibile esportare o archiviare i dati spuntati; cliccando su ESPORTA il programma chiederà in quale percorso avviare l'esportazione e la eseguirà; cliccando su ARCHIVIA, invece, il programma chiederà in quale gruppo archiviare i casi selezionati.
E' possibile ordinare l'elenco anche per ordine alfabetico o data di nascita, cliccando sulla barra grigia in alto che riporta le intestazioni delle colonne.
Selezione caso per caso
Per selezionare i casi corrispondenti a determinati criteri, questa opzione permette di impostare un criterio basato sui seguenti campi:
- Diagnosi istologica
- Provenienza (screening o no)
- Data del primo intervento
- Codice del servizio chirurgico al primo intervento
- Età al primo intervento
Inizialmente tutti i casi sono selezionati. Lo si può verificare osservando la barra rossa e la sua etichetta, che indica la frazione di dati attualmente selezionati.
Tra le diagnosi istologiche è possibile selezionare, dall'elenco preimpostato:
- Benigno
- In situ
- Microinvasivo
- Invasivo
- Non epiteliale
- Altro
- Ignoto
- Mancante
Tra le provenienze è possibile selezionare:
- Da programma di screening
- Altro
- Ignoto
Se, inoltre, si vogliono includere o escludere le provenienze mancanti, è possibile agire sul criterio INCLUDI PROVENIENZE MANCANTI, spuntando la casella corrispondente.
In Data intervento è possibile impostare un intervallo di tempo compreso tra due date. Automaticamente il programma imposta come data di inizio e di fine i due estremi rilevati sulla casistica completa. Se, dunque, si desidera selezionare gli interventi avvenuti dal 1999 in poi, è sufficiente impostare come data iniziale (DA:) 1/1/1999; non è necessario impostare una data finale. Se, invece, si desidera selezionare gli interventi precedenti il 2000, è sufficiente impostare come data finale (A:) 31/12/1999; non è necessario impostare una data iniziale. Ovviamente se si desidera selezionare gli interventi avvenuti nel marzo 2000, è necessario impostare come data iniziale (DA:) 1/3/2000 e come data finale (A:) 31/3/2000. Spuntando la casella INCLUDI DATE MANCANTI è possibile includere o escludere i record privi di data dell'intervento.
Si può selezionare uno o più Servizi chirurgici (al primo intevento) impostando nella casella corrispondente i numeri o le lettere con cui si erano identificati tali servizi. Se i servizi desiderati sono più di uno, separarli con una virgola.
Es. 1: si desidera selezionare il servizio A36. Impostare dunque nella casella il codice A36
Es. 2: si desidera selezionare i servizi A35 e B5. Impostare nella casella A35,B5
E' possibile includere o escludere i servizi mancanti spuntando le caselle corrispondenti (ESCLUDI SERVIZI MANCANTI e INCLUDI SERVIZI MANCANTI).
Per selezionare una certa Età (o un intervallo di età) è sufficiente impostare gli estremi dell'intervallo desiderato. Come per la data dell'intervento, se si desidera selezionare i casi da 50 anni in su, è sufficiente impostare l'età iniziale (DA:) al valore 50, ignorando l'età finale (il programma la imposta automaticamente all'età più alta riscontrata nella casistica). Anche per l'età è possibile includere o escludere i valori mancanti, spuntando la casella INCLUDI ETA' MANCANTI.
Nella casella ALTRE SELEZIONI è possibile inserire altre selezioni, riguardanti tutte le altre variabili. La sintassi da utilizzare è presentata nella sezione successiva.
Man mano che si impostano i criteri desiderati, la barra rossa si aggiorna segnalando all'utente il numero di record che in ogni istante rispondono ai criteri segnalati. Questo feedback può essere utile per verificare immediatamente la correttezza della selezione.
In ogni momento è possibile ottenere un elenco dei casi selezionati cliccando su MOSTRA. Le variabili mostrate sono quelle per cui è possibile effettuare la selezione facilitata.
Con le stesse procedure segnalate nella sezione precedente, relativa alla SELEZIONE CASO PER CASO, è possibile, cliccando su ARCHIVIA ed ESPORTA, archiviare in un gruppo i casi selezionati o esportarli su unità disco.
Selezione avanzata
Questa selezione permette di impostare criteri complessi per selezionare la casistica. Nella casella è possibile specificare una espressione contenente operatori NOT, AND e OR. La sintassi dei criteri è quella del linguaggio SQL. Qui di seguito vengono illustrati i suoi principali operatori:
Uguaglianza =
Se si desidera selezionare i casi con I01 pari a 1, impostare
Se si desidera selezionare i casi con I01 missing (nullo), impostare
Disuguaglianza <>
Se si desidera selezionare i casi con I01 diverso da 1, impostare
oppure
Se si desidera selezionare i casi con I01 diverso da missing (nullo), impostare
Maggiore, minore, intervalli
Se si desidera selezionare i casi con I01 maggiore di 1, impostare
Se si desidera selezionare i casi con I01 maggiore o uguale a 1, impostare
Se si desidera selezionare i casi con I01 minore di 1, impostare
Se si desidera selezionare i casi con I01 compreso tra 1 e 4, estremi esclusi, impostare
Se si desidera selezionare i casi con I01 compreso tra 2 e 5, estremi inclusi, impostare
In alternativa è possibile elencare i casi che si vogliono selezionare, specificandone la lista. Per selezionare i valori di I01 pari a 1, 3 e 5
Nel caso di campi testo, ai valori vanno aggiunte le virgolette. Per selezionare i valori di D08 pari a 1, 2 e 4
Importante: per sapere se un campo codificato è di tipo testo o numerico, consultare l'elenco dei campi. TEXT indica che è di tipo testo e dunque richiede le virgolette.
Operatore OR
Se si desidera selezionare sia i casi con I01 uguale 1, sia quelli con I01 uguale a 2, impostare
Se si desidera selezionare sia i casi con I01 uguale 1, sia quelli con I01 missing, impostare
Operatore AND
Se si desidera selezionare i casi che abbiano contemporaneamente I01 diverso da 1 e B01 uguale a 3, impostare
Se si desidera selezionare i casi che abbiano contemporaneamente I01 uguale a 1 e C01 missing, impostare
Operatore NOT
Se si desidera selezionare i casi che non abbiano contemporaneamente I01 diverso da 1 e B01 uguale a 3, impostare
Criteri relativi a variabili di tipo DATA
Se si desidera specificare un criterio riguardante una variabile di tipo "data" è necessario specificare la stessa nel formato GG/MM/AAAA, immediatamente preceduta e seguita da un simbolo # (cancelletto). Per selezionare, ad esempio, i casi con data di nascita (variabile DATANASC) posteriore al 31 dicembre 1949, impostare
Con i campi data è possibile utilizzare anche funzioni che estraggono giorno, mese ed anno dai campi. La funzione YEAR(), ad esempio, estrae l'anno da un campo data; per selezionare tutte le lesioni che hanno avuto il primo intervento (E05) nel 2000 si può utilizzare questo criterio:
Similmente, MONTH() estrae il mese da un campo e DAY() il giorno. Per selezionare le date di nascita del secondo semestre del 1999 si può usare:
| YEAR(DATANASC) = 1999 AND MONTH(DATANASC) > 6 |
che seleziona tutte le date di nascita (DATANASC) con anno uguale al 1999 e mese superiore a 6 (dunque a partire da luglio).
Criteri relativi a variabili di tipo STRINGA
Se si desidera specificare un criterio riguardante una variabile di tipo "stringa" è necessario mettere tra virgolette i valori. Per selezionare, ad esempio, i servizi (variabile C01) uguali a "A23", impostare
Con le stesse procedure segnalate nelle sezioni precedenti, è possibile, cliccando su ARCHIVIA ed ESPORTA, archiviare in un gruppo i casi selezionati o esportarli su unità disco.
Si può, inoltre, visualizzare i dati man mano selezionati cliccando su BROWSE o LIST.
BROWSE permette di visualizzare tutte le variabili su cui eseguire le selezioni, mentre LIST pemette si specificare una lista ridotta di variabili da visualizzare. Le variabili da visualizzare con LIST devono essere separate spazi.
In basso a sinistra è necessario scegliere il tipo di esportazione richiesta: si può scegliere se esportare solo le lesioni che rispondono ai criteri impostati o tutte le lesioni delle persone che hanno almeno una lesione rispondente ai criteri.
Analisi dei dati
SQTM fornisce all'utente un emulatore dell'ambiente di analisi statistica EpiInfo 6.
La schermata che si presenta all'utente è divisa in tre parti:
- Una barra in alto che riporta in due linee: il nome del Dataset, ovvero del gruppo corrente e la frazione di records selezionati per l'analisi; il Criteria ovvero l'espressione logica che esprime il criterio di selezione dei records attualmente attivo. Se tutti i records sono selezionati, compare la scritta All records selected.
- La schermata di output, che presenta i risultati dei comandi inseriti.
- Il prompt dei comandi Epi6Emu>. Per eseguire una certa funzione è sufficiente inserire il comando da tastiera e premere INVIO. Il risultato viene mostrato nella schermata di output.
Informazioni sui comandi di analisi
I comandi disponibili in fase di analisi sono elencati qui di seguito in ordine alfabetico, con una descrizione dettagliata del loro formato e dei risultati che producono. I comandi devono essere inseriti al prompt Epi6Emu>.
Attenzione! L'emulatore analizza i dati contenuti in una Tabella chiamata "Archivio Standard"; questa viene compilata automaticamente ricavando i records dalle tre tabelle principali ed aggiungendo una serie di campi ricodificati (ad es. il pT o l'età della paziente). L'Archivio Standard è, dunque, una vista ridotta ad alcuni campi ed ampliata per altre (quelle ricodificate). Quando i dati dell'Archivio Standard vengono modificati, queste modifiche non si ripercuotono sugli archivi principali. E', dunque, possibile effettuare tutta una serie di aggiornamenti o modifiche ai dati in fase di analisi senza che queste abbiano alcuna influenza sui records registrati in SQTM.
BROWSE ()
Sintassi: BROWSE
Il comando BROWSE mostra i records selezionati dell'archivio corrente in formato Tabella di Access. Per ottenere una lista comprendente solo alcuni campi utilizzare il comando LIST. I dati possono essere modificati e tali cambiamenti riguarderanno la successiva analisi nell'Emulatori. Queste modifiche, però, non avranno alcuna ripercussione sugli archivi principali di SQTM.
Per tornare all'emulatore è sufficiente chiudere la Tabella cliccando sulla X in alto a destra.
DEFINE
Sintassi: DEFINE <campo> <tipo>
DEFINE definisce un nuovo campo dell'archivio da analizzare, e può essere utilizzato sono in fase di analisi.
campo dev'essere il nome di un campo che non esiste ancora nell'archivio analizzato. Se si specifica il nome di un campo già esistente viene visualizzato un messaggio di errore.
Il tipo può essere: Testo, Numerico o Data.
Testo: Il tipo va espresso con un numero di caratteri "underscore" _ pari alla lunghezza del testo desiderato. Per definire un campo NAZIONE di tipo testo lungo 15 caratteri è possibile specificare il tipo con una serie di quindici caratteri underscore consecutivi (ovvero senza spazi):
| DEFINE NAZIONE _______________ |
Numerico: Il tipo va espresso con un numero di caratteri # pari alla lunghezza del numero desiderato. Per definire un campo ANNOINTERVENTO di tipo numerico lungo 4 caratteri, è possibile specificare il tipo con una serie di 4 caratteri # consecutivi (ovvero senza spazi):
| DEFINE ANNOINTERVENTO #### |
Data: Il tipo va espresso con l'espressione :
| DEFINE DATAMX <GG//MM//AAAA> |
ERASE
Sintassi: ERASE
ERASE svuota il file output.txt che si trova nella stessa cartella di SQTM. Esso contiene il rapporto di tutte le analisi effettuate nell'ultima sessione dell'Emulatore, e può essere visualizzato tramite il comando SHOW.
EXIT ()
Sintassi: EXIT
EXIT chiude l'attuale sessione di analisi ritornando al menù principale. Attenzione: se l'archivio non viene salvato tramite il comando EXPORT, tutti i dati verranno perduti.
EXPORT
Sintassi: EXPORT nomefile
EXPORT permette di salvare su disco un archivio che potrà essere analizzato in una nuova sessione di analisi. Chiudendo l'emulatore, infatti, tutte le modifiche ai dati andrebbero perdute. nomefile non deve comprendere il percorso su cui esportare i dati, e dev'essere in formato .txt L'emulatore chiede il percorso su cui esportare l'archivio. Questo può essere caricato in seguito con il comando READ.
FREQ
Sintassi: FREQ
FREQ mostra una tabella che riporta, per ogni valore del campo, quanti records hanno quel determinato valore, la percentuale dei valori assunti e la percentuale cumulativa. Per ottenere una tabella con i valori incrociati di due campi, utilizzare il comando TABLES.
Esempio:
produce l'output seguente:
pT | Freq Percent Cum.
---|---------------------
. | 3 1,1% 1,1%
1A | 4 1,5% 2,6%
1B | 30 11,1% 13,7%
1C | 114 42,1% 55,7%
2 | 83 30,6% 86,3%
3 | 13 4,8% 91,1%
4 | 5 1,8% 93,0%
4B | 1 0,4% 93,4%
4D | 1 0,4% 93,7%
IS | 17 6,3% 100,0%
---|---------------------
Tot| 271 100,0% 100,0% |
HELP
Sintassi: HELP {campo}
Il comando HELP fornisce una guida all'uso dell'Emulatore. Se viene utilizzato senza parametri produce un output con qualche esempio d'uso dei vari comandi. Se si specifica il nome di un campo, ne produce una guida contenente una breve spiegazione del suo significato, del tipo e delle eventuali codifiche.
Esempio:
produce l'output seguente:
INFORMAZIONI SUL CAMPO E08
TIPO DI INTERVENTO SULLA MAMMELLA CONCLUSIVO (1° INTERVENTO)
------------------------------------------------------------
Tipo: Codificato
2 = biopsia escissionale/tumorectomia
3 = resezione ampia
4 = quadrantectomia
5 = mastectomia sottocutanea
6 = mastectomia totale
7 = mastectomia skin sparing
8 = altro
9 = ignoto |
IF
Sintassi: IF <condizioni> THEN <conseguenze>
IF definisce delle condizioni e delle conseguenze che saranno attuate sui records che rispettano le condizioni. Le conseguenze possono consistere nell'assegnamento di una espressione ad un campo, come per il comando LET, ma non deve comprendere la parola chiave LET.
Esempi:
| IF ETA>40 THEN CLASSE="ADULTI" |
Assegna il valore "ADULTI" al campo CLASSE in tutti i record che hanno ETA maggiore di 40. Si noti che l'assegnazione dopo il then non comprende il comando LET.
La sintassi delle condizioni è la stessa di quella dei criteri del comando SELECT.
Per assegnare ad un campo un'espressione per tutti i record, senza specificare condizioni, utilizzare il comando LET.
LET
Sintassi: LET <campo> = <espressione>
Il comando LET assegna il valore di un'espressione ad un campo. A differenza di EpiInfo 6, LET non è opzionale: va specificato esplicitamente; inoltre, mentre in EpiInfo 6 se il campo non esisteva, ne creava uno, nell'Emulatore il nuovo campo va definito tramite il comando DEFINE. L'assegnazione viene fatta soltanto sui records selezionati. Per assegnare ad un campo un'espressione limitatamente a records che soddisfano una determinata condizione utilizzare il comando IF.
Esempi:
LIST
Sintassi: LIST campo1 {<campo2> <campo3> ... <campoN>}
Il comando LIST mostra i campi specificati dei records selezionati dell'archivio corrente in formato Tabella di Access. Per ottenere una lista completa di tutti i campi disponibili utilizzare il comando BROWSE. I dati possono essere modificati e tali cambiamenti riguarderanno la successiva analisi nell'Emulatore. Queste modifiche, però, non avranno alcuna ripercussione sugli archivi principali di SQTM.
Per tornare all'emulatore è sufficiente chiudere la Tabella cliccando sulla X in alto a destra.
Esempi:
LIST COGNOME
LIST NOME DATANASC I01 |
READ
Sintassi: READ [nomefile]
READ permette di caricare da disco un archivio in formato SQT da analizzare precedentemente salvato con il comando EXPORT. Se non viene specificato il nome di un file da importare, l'emulatore offre la possibilità di sceglierne uno. Poiché l'archivio caricato in memoria viene sovrascritto ai dati correnti, viene chiesta un'ulteriore conferma all'utente.
Esempio:
READ
READ c:\archivi\dati.sqt |
RUN INDIC
Sintassi: RUN INDIC##
Il comando esegue il calcolo dell'indicatore specificato al posto dei caratteri ## e produce un rapporto dettagliato dei risultati ottenuti. Gli indicatori disponibili sono i seguenti: 9, 9B, 11, 12A, 12B, 12B1, 12B2, 12C, 13A, 13A2, 14, 15A, 15B, 16A1, 16A2, 16A3, 16A4, 17B, 18A, 18C, 18D, 21A, 21A2, 21B, 28A.
Esempio:
produce il seguente rapporto:
SQTM 3.1 - Indicatore 9 - 1/1/2000 00.00.00
DIAGNOSI CITO/ISTOLOGICA PRE-OPERATORIA POSITIVA O SOSPETTA
Risultato ottimale: >=70% RAGGIUNTO
Numero totale di casi: 264
INDICATORE: 38 / 43 = 88,37% [IC 95%: Non valutabile]
Casi con informazione mancante: 221 (83,71% sul totale)
Contando i valori mancanti come fallimenti:
INDICATORE: 38 / 264 = 14,39% [IC 95% 10,51% - 19,35%] |
Al termine dell'esecuzione dell'indicatore, tutti i records che sono stati inclusi nel numeratore del risultato hanno il campo NUMERAT (di tipo Booleano) impostato a Vero, quelli inclusi nel denominatore hanno il campo DENOMIN (di tipo Booleano) impostato a Vero. Tutti i records considerati considerati dall'algoritmo hanno il campo TOTALI (di tipo Booleano) impostato a Vero. Quelli non considerati hanno il campo ESCLUSI (di tipo Booleano) impostato a Vero. A questo punto è possibile approfondire le analisi con apposite selezioni.
| Per selezionare… | usare il comando… |
| I records che hanno avuto successo (numeratore) | SELECT NUMERAT |
| I records al denominatore | SELECT DENOMIN |
| I records falliti | SELECT (DENOMIN AND NOT NUMERAT) |
| I records ritenuti missing dall'algoritmo | SELECT (TOTALI AND NOT DENOMIN) |
| I records considerati dall'algoritmo | SELECT TOTALI |
| I records non considerati dall'algoritmo | SELECT ESCLUSI |
SELECT
Sintassi: SELECT <criterio>
SELECT permette di specificare un criterio logico che dev'essere vero per i records che verranno presi in considerazione nelle successive analisi. Se il criterio corrente è "eta>35", soltanto i records la cui età è superiore a 35 verranno presi in considerazione nelle analisi successive. SELECT utilizzato da solo, senza specificare alcun criterio, elimina tutte le precedenti selezioni. I criteri espressi da due SELECT consecutive sono additivi, così che le due espressioni:
SELECT ETA>35
SELECT pT="1" |
sono equivalenti a
Il criterio corrente viene continuamente mostrato in alto nella schermata, Criteria. Se tutti i records sono selezionati (ovvero nessun criterio è stato specificato) l'Emulatore scrive Criteria: All records selected. E' sempre possibile verificare il numero di records che soddisfano i criteri osservando la frazione di dati selezionati in alto nella schermata, accanto al nome del gruppo attivo (Dataset).
Il criterio va espresso in sintassi SQL di Access. Per una guida alla stessa si rimanda al capitolo Selezione avanzata.
Attenzione! La gestione dei missing nei criteri di selezione è differente da quella di EpiInfo 6. Mentre in EpiInfo il comando SELECT I01=1 esclude automaticamente tutti gli I01 missing, selezionando soltanto quelli che hanno un valore pari a 1, lo stesso comando nell'Emulatore seleziona sia gli I01=1, sia gli I01 missing. Per ottenere lo stesso effetto che ha in EpiInfo 6 il comando sopra citato, è necessario utilizzare SELECT con il criterio SELECT I01=1 AND NOT ISNULL(I01) escludendo esplicitamente gli I01 missing. Esempio: SELECT (I01>1 AND N00=1) OR (isnull(I01) AND N00=1)
SHOW
Sintassi: SHOW
SHOW apre il Blocco Note di Windows con un rapporto di tutte le analisi effettuate nell'ultima sessione. Il rapporto è contenuto in un file chiamato output.txt che si trova nella stessa cartella di SQTM. Esso può essere cancellato dall'emulatore tramite il comando ERASE. Se nella corrente sessione è stato utilizzato il comando ERASE, il file riporterà soltanto le analisi effettuate successivamente.
TABLES
Sintassi: TABLES <campo1> <campo2>
TABLES mostra una tabella che riporta la frequenza dei valori incrociati di campo1 e campo2. I valori del campo1 si trovano in testa alle righe, mentre quelli del campo2 sono in testa alle colonne. Per ottenere la frequenza di un singolo campo, utilizzare il comando FREQ.
Esempio:
produce l'output seguente:
pT | . 1A 1B 1C 2 3 4 4B 4D IS | Tot.
-------+---------------------------------------------------+-----
i01 . | 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 | 2
1 | 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 | 3
2 | 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 | 17
3 | 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 | 1
4 | 1 3 29 114 80 13 5 1 1 0 | 247
9 | 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 | 1
-------+---------------------------------------------------+-----
| 3 4 30 114 83 13 5 1 1 17 | 271 |
Scheda GISMa
SQTM consente di produrre automaticamente una serie di rapporti che agevolano la compilazione della scheda GISMa.
Perché gli archivi siano analizzati correttamente, è necessario eseguire un preventivo controllo dei dati, tramite la funzione disponibile dal menu principale Utilità | Controllo dati. Si ottiene, in questo modo, un rapporto che identifica eventuali incoerenze tra i dati registrati e consente di eseguire correzioni mirate.
Completate le eventuali correzioni, si può produrre la scheda GISMa selezionando dal menu principale Utilità | Rapporto GISMa.
Le tabelle prodotte presentano il risultato di una serie di conteggi eseguiti sul Gruppo Attivo. Se si volessero calcolare su un sottoinsieme dei dati (per esempio: tutte le lesioni identificate a seguito di esame di screening eseguito nel 2004), è necessario creare un altro gruppo nel quale inserire soltanto le lesioni che si desidera analizzare. Ciò può essere ottenuto facilmente utilizzando le funzioni di selezione e cliccando il pulsante Archivia, che riversa un sottoinsieme dei dati del Gruppo Attivo in un secondo gruppo.
Nell'esempio su indicato, per compilare la scheda GISMa soltanto con le lesioni identificate a seguito di esame di screening eseguito nel 2004, selezionare dal menu principale Utilità | Selezione avanzata e impostare come criterio:
E' dunque possibile produrre facilmente i dati per la scheda GISMa secondo una delle modalità previste dal protocollo. E' anche possibile utilizzare una coorte specifica per anno di invito se si dispone di un gruppo definito ad hoc.
Per conoscere in dettaglio il contenuto di ogni cella delle tabelle prodotte, è disponibile qui sotto una guida che elenca uno per uno tutti i criteri che determinano se una lesione entra a far parte o meno del conto di quella particolare cella.
Collegamenti personalizzati
SQTM è in grado di collegarsi ad altri database che registrano i dati anagrafici delle pazienti, per evitare all'utente di duplicare il lavoro di registrazione dei dati anagrafici. Tale "collegamento" avviene con la seguente modalità:
- Il database (DB) contenente i dati anagrafici produce un file di testo chiamato sqtm.txt (che risponde alle specifiche sotto riportate);
- Ogni volta che l'utente inserisce in SQTM il cognome, il nome e la data di nascita di una paziente, SQTM va a leggere il file prodotto dal DB alla ricerca della persona appena inserita. Se la trova, ne utilizza i dati per compilare automaticamente la scheda anagrafica della persona.
Struttura del file SQTM.TXT
Il file di testo da produrre deve chiamarsi sqtm.txt, e contenere i dati anagrafici nella struttura "a larghezza fissa", seguendo il seguente tracciato record:
| Campo | Larghezza | |
| Cognome | 20 | |
| Nome | 15 | |
| Data di nascita | 8 | (nel formato GGMMAAAA) |
| Comune di nascita | 27 | |
| Provincia di nascita | 2 | |
| Tessera Sanitaria | 16 | |
| Codice Fiscale | 16 | |
| Indirizzo di residenza | 27 | |
| Comune di residenza | 27 | |
| Provincia di residenza | 2 | |
| Primo telefono | 12 | |
| Secondo telefono | 12 | |
I dati che dovessero superare la lunghezza del campo corrispondente vanno troncati. Ad esempio una paziente che si chiamasse "MARIAPIA GIOVANNA" (lungo 17 caratteri, compreso lo spazio) dovrà essere salvata nel file come "MARIAPIA GIOVAN" (15 caratteri).
Il file può essere creato con una qualsiasi periodicità dal database, e deve sempre contenere tutti i dati che si vogliono condividere con SQTM; il percorso in cui deve trovarsi il file dev'essere accessibile da SQTM (dunque il file sqtm.txt deve trovarsi sullo stesso computer o su un computer collegato in rete con la macchina su cui viene avviato l'applicativo SQTM).
Installazione del collegamento
Per installare il collegamento in SQTM è necessario selezionare dal menu principale Utilità | Avanzate e specificare la funzione scrivendo LINK nella casella di testo.
Specificare, ora, il percorso in cui il file SQTM.TXT si trova:
Selezionarlo e cliccare APRI. Il collegamento tra SQTM e il database verrà dunque stabilito.
Disinstallazione del collegamento
In ogni momento è possibile scollegare SQTM dal database selezionando dal menu principale Utilità | Avanzate e specificando la funzione scrivendo LINK nella casella di testo. Quando l'applicazione chiederà di specificare il percorso in cui si trova SQTM.TXT, cliccare ANNULLA: il collegamento verrà disinstallato.
Variabili ricodificate
In fase di analisi degli archivi (dalla funzione Indicatori di qualità o dall'Emulatore EpiInfo) SQTM mette a disposizione alcune variabili il cui valore è calcolato a partire dagli altri dati disponibili per ogni lesione.
L'uso di tali variabili semplifica l'analisi, perché le stesse compattano molteplici informazioni in un unico dato.
La variabile ANNODIA, ad esempio, viene compilata automaticamente con l'anno in cui è stata effettuata la diagnosi del tumore. Tale dato proviene generalmente dalla data del primo intervento chirurgico (E05). In caso di assenza di tale data, SQTM verifica se è stata registrata almeno la data del referto istologico diagnostico (I33): in quel caso, l'anno della diagnosi viene ricavato da quest'ultimo campo. Se manca anche questo dato, SQTM va a controllare altri campi per trovare un'informazione utile per la compilazione di ANNODIA. Solo nel caso in cui nessuno dei campi siano valorizzati, il valore di ANNODIA rimane "mancante".
In fase di analisi sarà così possibile selezionare soltanto le lesioni diagnosticate nel 2004 specificando il criterio ANNODIA=2004. Ciò evita complicati criteri che sarebbero stati necessari se tale verifica avesse riguardato ognuno dei campi in cui la data viene registrata.
Elenco dei campi ricodificati con relativi algoritmi di ricodifica
ANNOSCR
Codifica l'anno di screening, ricavandolo dalla data C09 o, in assenza di questa, dalla data C12.
DATADIA
Codifica la data in cui il tumore è stato diagnosticato istologicamente.
| DATADIA = | E05 |
| (se E05 è missing) | I33 |
| (se I33 è missing) | I34 |
| (se I34 è missing) | D08A |
| (se D08A è missing) | D23 |
| (se D23 è missing) | C12 |
| (se C12 è missing) | C09 |
| (se C09 è missing) | G07 |
| (se G07 è missing) | L03 |
| (se L03 è missing) | L04 |
| (se L04 è missing) | M14 |
ANNODIA
Codifica l'anno in cui il tumore è stato diagnosticato istologicamente.
Il suo valore viene estratto dalla variabile ricodificata DATADIA (vedi sopra)
DIAPRE
Condensa in un unico valore le informazioni sugli esami preoperatori Core Biopsy (D08, Agoaspirato) e FNA (D09, Agobiopsia).
Assume il valore di D08 o D09 a seconda della combinazione tra i due (dando la precedenza al risultato dell'agobiopsia):
| | D09 |
| D08 | | . | 0 | 1 | 2-5 | 9 |
| . | . | . | 1 | D09 | 9 |
| 0 | . | 0 | 1 | D09 | 9 |
| 1 | 1 | 1 | 1 | D09 | 1 |
| 2-5 | D08 | D08 | D08 | D09 | D08 |
| 9 | 9 | 9 | 1 | D09 | 9 |
DIAPRE2
Condensa in un unico valore le informazioni sulla mammografia (D02) e l'ecografia (D06):
| | D02 |
| D06 | | . | 0 | 1 | 2-5 | 9 |
| . | . | 0 | 1 | D02 | . |
| 0 | 0 | 0 | 1 | D02 | 0 |
| 1 | 1 | 1 | 1 | D02 | 1 |
| 2-5 | D06 | D06 | D06 | MAX* | D06 |
| 9 | . | 0 | 1 | D02 | 9 |
* Per MAX si intende il valore maggiore tra D02 e D06.
TRIPLEASSESSMENT1
Raccoglie l'informazione sull'esecuzione dei tre esami diagonistici: esame clinico, uno tra Eco ed MX ed uno tra CB ed FNA:
| TRIPLEASSESSMENT1 = | 0 (no) | se D13A = 0
o DIAPRE = 0
o DIAPRE2 = 0 |
| 1 (sì) | se D13A = 1,2,3,9,.
e DIAPRE = 1,2,3,4,5
e DIAPRE2 = 1,2,3,4,5 |
| 9 (ignoto) | se DIAPRE = 9,.
o DIAPRE2 = 9,. |
TRIPLEASSESSMENT2
Come TRIPLEASSESSMENT1 ma esclude l'esito inadeguato per CB ed FND:
| TRIPLEASSESSMENT2 = | 0 (no) | se D13A = 0
o DIAPRE = 0,1
o DIAPRE2 = 0 |
| 1 (sì) | se D13A = 1,2,3,9,.
e DIAPRE = 2,3,4,5
e DIAPRE2 = 1,2,3,4,5 |
| 9 (ignoto) | se DIAPRE = 9,.
o DIAPRE2 = 9,. |
DIA
Codifica la diagnosi della lesione:
| DIA = | I01 | se I01=1,2,3,4,5,6 |
| altrimenti... | 4 | se D08=5
o D09=5
o D19= 1a,1b,1c,2,3,4A,4B,4C,4D
o D20=1,2,3,4
o D21=1
o G01=1
o L01=1
o M13=1
o N01=1
o O03=2,4 |
ETA
Codifica l'età della paziente al momento della diagnosi. Viene ricavata per sottrazione da DATADIA e dalla data di nascita (DATANASC). In assenza di una data di nascita completa, la ricava per sottrazione dall'anno di nascita (ANNONASC) e da ANNODIA.
PT
La variabile PT riporta l'informazione contenuta nella variabile I26 o, in assenza di questa, calcola in pT a partire dalle dimensioni del tumore e dalla diagnosi definitiva:
| PT = | IS | se I01 = 2 |
| 1mic | se I01 = 3 |
| I26 | se I26 = X,0,IS,1,1A,1B,1C,1mic,2,3,4,4A,4B,4C,4D |
| [PT_DIM] | se I26 = 99,.
e 0<=I21<999 |
| [PT_DIM] | se I26 = 1
e 0<=I21<=20 |
| [PT_DIM] = | 1A | 0<=I21<=5 |
| 1B | 6<=I21<=10 |
| 1C | 11<=I21<=20 |
| 2 | 21<=I21<=50 |
| 3 | 51<=I21<=998 |
Work in progress...
